陈永仁(梁朝伟饰)被杀后许久，刘建明(刘德华饰)也被警队内部调查，因此被派做没有权利的事务性工作。而与妻子MARY的婚姻破裂，使得身心俱疲的刘建明，每日的生活十分痛苦。而警队内，一颗明日之星正在崛起——不到四十岁的年轻警司杨锦荣(黎明饰)一步一步迈向警队高层，刘建明忽然想起了以前的自己……　　一次机缘，刘建明与杨锦荣成为好友，却发现杨锦神秘的一面，于是他开始了调查荣的过程……，却因为始终得不到最终的答案，开始对自己产生怀疑。 陈永仁：陈永仁作卧底跟随韩琛(曾志伟饰)已有两年的时间，为了得到他的信任不惜以身试法，一次又一次犯上而且违背自己的愿意。上司黄志诚(黄秋生饰)这样的局势没有办法控制，陈永仁也渐渐迷失了自己，于是警署让他去找专门的心理医生李心儿(陈慧琳饰)治疗。在催眠治疗期间，陈永仁泄露了自己真正身份，李心儿半信半疑间，对陈永仁的个性和背景发生了兴趣。她想去了解他，帮助他，走进他的内心，而陈永仁也只有在李心儿的诊所里才能找回最真实的自我。 刘建明和陈永仁这对卧底冤家在无间道的路上远走越远，一个也走向天堂，另一个走向地狱，在终极无间的道路上复杂多变，难以捉摸。